Олександр Лотоцький народився 22 березня 1870 р. у с. Бронниці поблизу Могилева-Подільського в родині священника. Навчався в духовних семінаріях Кам’янця-Подільського, Тифліса та Києва. З 1892 по 1896 роки навчався у Київській духовній академії, де долучився до збирання та запису українського фольклору, матеріалів з історії церкви. Разом із В. Антоновичем та М. Грушевським працював над підготовкою біографічного словника діячів українського руху. Перша наукова праця молодого дослідника, опублікована 1896 р. і присвячена моральному та соціальному стану духівництва XVIII ст., викликала невдоволення церковного начальства, закріпивши за її автором репутацію неблагонадійного. Того самого року О. Лотоцький здобув ступінь кандидата богослов’я, проте знайти роботу за фахом не зміг. Влаштувавшись до Київської палати державного контролю, самотужки опанував основи економіки та фінансів.